غالباً ما يكون سبب الإجهاض غير معروف، ولكن أحياناً يكون هناك سبب واضح، مثلاُ:

- اضطراب الصبغات الوراثية، فأكثر من 50% من الإجهاضات المتكررة في الأشهر الأولى من الحمل أسبابها عبارة عن اختلال بالصبغات الوراثية للجنين، وهذه الصبغات هي أجسام صغيرة داخل الخلية وكل واحدة منها تحمل موروثات، وهذه الجينات أو الموروثات هي المسؤولة عن نوع الجنين ولون شعره وجلده وعيونه وزمرة دمه.

إن أي اختلال في عدد الصبغات أو تركيبها قد تؤدي إلى الإجهاض، وهذا من رحمة الله بعباده، حيث إن الأجنة المشوّهة التركيب تنتهي غالباً بالإجهاض، وهذه التشوّهات تحصل بالمصادفة ودون سبب، وعادة لا تعود في الحمل الثاني، وفي بعض الأحيان عندما يكون أحد الأبوين حاملاً لصبغة وراثية غير صحيحة (ناقصة أو مشوهة) فقد ينتقل هذا إلى الجنين ويسبّب التشوّه في الجنين ومن ثمّ الإجهاض.
 
أما السبب الثاني- - فهو اختلال الهرمونات، (هرمون الحمل) هو الهرمون الذي يُحضّر بطانة الرحم لاستقبال البيضة الملقحة في النصف الثاني من الدورة الشهرية، وفي بداية الحمل يجب أن يكون هناك كميات هائلة من البروجسترون لكي يستمر الحمل ولا يحدث الإجهاض.