عبّرت منظمات وجمعيات غير حكومية في الصحراء عن قلقها الشديد إزاء التطورات الأخيرة التي عرفها ملفها ، واصفة قرار الاتحاد الإفريقي بإيفاد ممثل مبعوث خاص إلى الصحراء بالقرار الأحادي وغير القانوني المعاكس للجهود المبذولة من الأمم المتحدة لحل هذا النزاع
وحذّرت جمعية "الصحراء" أن أي تحرك خارج الإطار التفاوضي المتفق عليه تحت الغطاء الأممي ستكون له انعكاسات خطرة يتحمّل الاتحاد تداعياتها المباشرة.
ورأت أن القرار يدل على "عدم تقدير جيد لما وصلت إليه الجهود الأممية لحل هذا الملف"، معتبرة أنه يهدف إلى إخراج المفاوضات عن مسارها، وتقويض الجهود الرامية إلى التوصل إلى حل سياسي توافق عليه كل الأطراف.ودعت الجمعية، الاتحاد الإفريقي إلى "عدم التشويش على الجهود المبذولة من المبعوث الأممي كريستوفر روس في إيجاد تسوية مقبولة لهذا النزاع"، مشيرة
وكان المغرب عبّر عن رفضه المطلق للقرار، معتبرًا أن مبعوث الاتحاد "معروفة ولاءاته"  وأكد الخبير السياسي وأستاذ القانون الدولي في جامعة محمد الخامس في الرباط تاج الدين الحسيني في تصريح لـ"المغرب اليوم" أن قرار الاتحاد الإفريقي مخالف للشرعية القانونية للقانون الدولي على اعتبار أن هذا الملف موجود حاليًا بين يدي الأمم المتحدة التي تتناوله عبر مجلس الامن أو عبر تكليف مبعوثها الخاص بمتابعة الوساطة للتوصل إلى حل سياسي نهائي يرضي كل الأطراف، وقال إن المنظمات الاقليمية تخضع لنوع من الوصاية للامم المتحدة التي قد توجهها إلى التعاون في بعض القضايا.معتبرًا أن بلاده غير معنية بقرار الاتحاد لأن المنظمات الإقليمية لا يمكنها اتخاذ قرارات في شأن دولة ليست في عضويتها، وتابع الحسيني أن الاتحاد الإفريقي عبّر سلفًا عن موقف المنحاز
يذكر أن المغرب انسحب من منظمة الوحدة الإفريقية، التي حل الاتحاد الافريقي مكانها، بعد اعترافها بعضوية جبهة البوليسارو